Der heute gültige Planfeststellungsbeschluss legte als Kompensation für den Bau des Containerterminals in Altenwerder zwei Bestandteile fest.
Als Ersatzmaßnahme für den Eingriff in die Natur wurde die Aufwertung von 100 Hektar Grünland im Moorgürtel und zudem die Ersatzzahlung in Höhe von 18,1 Millionen Euro festgestellt. Mit dieser Summe soll die Behörde für Stadtentwicklung und Umwelt (BSU) durch das „Sondervermögen Naturschutz und Landschaftspflege“ Maßnahmen für den Naturschutz verwirklichen.
Eine Ersatzzahlung ist nach dem Naturschutzgesetz in der Rangfolge die letzte Möglichkeit der Kompensation. Die hervorgerufenen Beeinträchtigungen in der Natur werden durch die gezahlte Summe zunächst nur ganz abstrakt ersetzt. Das wird im allgemeinen Grundsatz im Bundesnaturschutzgesetz (Kap. 3, § 13) erklärt: „Erhebliche Beeinträchtigungen von Natur und Landschaft sind vom Verursacher vorrangig zu vermeiden. Nicht vermeidbare erhebliche Beeinträchtigungen sind durch Ausgleichs- oder Ersatzmaßnahmen oder, soweit dies nicht möglich ist, durch einen Ersatz in Geld zu kompensieren.“ Das Bundesnaturschutzgesetz regelt zudem in § 15, Absatz 6 die Verwendung von Ersatzzahlungen: „Die Ersatzzahlung ist zweckgebunden für Maßnahmen des Naturschutzes und der Landschaftspflege möglichst in dem betroffenen Naturraum zu verwenden, für die nicht bereits nach anderen Vorschriften eine rechtliche Verpflichtung besteht.“